Mula noong 962 at sa loob ng maraming siglo, ang Holy Roman Empire ay ang pinakamalakas na pormasyon ng estado sa Europa. Gayunpaman, noong 1806 tumigil ito sa pag-iral. Mayroong maraming mga kadahilanan para dito.
Ang mga preconditions para sa pagtatapos ng pagkakaroon ng Holy Roman Empire ay nagsimulang lumitaw na sa kalagitnaan ng ika-17 siglo. Ang unang pangunahing kaganapan ng ganitong uri ay ang pagtatapos ng Kapayapaan ng Westphalia noong Oktubre 1648, na minarkahan ang pagtatapos ng Digmaang Tatlumpung Taon. Ang kasunduang ito ay makabuluhang nilimitahan ang mga kapangyarihan ng emperor, na epektibo ang pagpapalaya sa mga indibidwal na pamunuan mula sa kanyang kapangyarihan. Pinagsama at pinatibay nito ang mga kontradiksyon sa relihiyon at pambansa na mayroon sa emperyo, na sanhi ng paglaki ng mga hilig ng separatista.
Mula noong pagtatapos ng ika-17 siglo, nagkaroon ng isang unti-unting pagtaas sa gitnang awtoridad sa Holy Roman Empire. Si Emperor Leopold I at ang kanyang mga inapo ay may mahalagang papel sa prosesong ito. Ang tagumpay sa Digmaan ng Pagkakasunod sa Espanya, na naganap mula 1701 hanggang 1714, ay nakatulong din upang palakasin ang impluwensiya ng emperador. Gayunpaman, kasama ang pagpapalakas ng mga posisyon nito, ang korte ng imperyal ay nagsimulang magsagawa ng isang mapagpasyang interbensyon sa panloob na mga usaping pampulitika ng mga punong puno ng Aleman. Pinukaw nito ang isang backlash sa anyo ng pagtatapos ng suporta para sa emperor mula sa mga prinsipe.
Mula noong pagtatapos ng ika-17 siglo, nagkaroon ng isang unti-unting pagtaas ng mga kontradiksyon sa pagitan ng dalawang pinaka-maimpluwensyang paksa ng Holy Roman Empire - Austria at Prussia. Karamihan sa mga pag-aari ng mga monarko ng mga estadong ito ay nakahiga sa labas ng teritoryo ng emperyo, na naging sanhi ng madalas na pagkakaiba-iba ng kanilang pansarili at imperyal na interes. Ang mga pinuno ng dinastiyang Austrian Habsburg na sumakop sa trono ay nagbigay ng hindi sapat na pansin sa panloob na mga gawain. Sa parehong oras, ang lakas ng militar at pampulitika ng Prussia ay patuloy na dumarami. Humantong ito sa paglitaw ng isang matinding sistematikong krisis sa Banal na Emperyo ng Roma.
Ang krisis ng emperyo ay tumindi, lumalagong mula sa ikalawang kalahati ng ika-18 siglo. Ang mga pagtatangka ng dinastiya ng Habsburg na buhayin ang mga istrukturang pang-administratiba ng imperyo ay sinalubong ng bukas na pagtutol mula sa Prussia at iba pang mga punong puno ng Aleman. Sa panahon ng Seven Years War, na naganap mula 1756 hanggang 1763, ang karamihan sa mga punong puno ay talagang iniwan ang pagpapasakop ng emperador at sumumpa ng katapatan sa Prussia.
Ang proseso ng aktwal na pagkakawatak-watak ng Holy Roman Empire ay nagsimula sa pag-apruba ng resolusyon ng "imperial deputation" noong 1803, na pinagtibay ng presyur mula sa France at Russia. Nagbigay ito para sa isang radikal na pagbabago sa istraktura at komposisyon ng emperyo (higit sa 100 mga entity na teritoryo ang natapos). Ang atas na ito ay likas na resulta ng pagkatalo ng emperyo sa giyera ng Second Coalition (1799-1801) laban sa France.
Ang pagkatalo ng Holy Roman Empire sa giyera ng Third Coalition (1805) laban sa France ay nagtapos sa tanong tungkol sa pagkakaroon nito. Bilang isang resulta ng Kapayapaan ng Presburg, maraming mga estado ang lumitaw mula sa kapangyarihan ng imperyal. Hanggang kalagitnaan ng Hulyo 1806, ang Sweden at maraming punong punong Aleman ay umalis sa emperyo. Ang pagbagsak ay naging maliwanag sa lahat ng mga pulitiko sa Europa.
Noong Hulyo 22, 1806, sa pamamagitan ng embahador ng Austrian sa Paris, nakatanggap ng isang ultimatum mula kay Napoleon si Emperor Franz II na hiniling na bitiwin niya ang trono sa Agosto 10. Kung hindi man, sasalakay ng Pransya ang Austria. Noong Agosto 6, 1806, nagbitiw sa kanya si Franz II ng titulong Emperor ng Holy Roman Empire, na pinalaya ang lahat ng mga paksa na bahagi nito mula sa kapangyarihan nito. Sa gayon, ang Holy Roman Empire ay tumigil sa pag-iral.
